为贯彻落实总公司关于《南京市地下铁道总公司运营安全生产暂行管理办法》的精神，切实保障冬季安全运营，推动运营日常安全生产工作持续、深入地开展，进一步消除事故隐患，牢固树立“安全第一、预防为主”的思想，保障运营各项工作安全有序、有条不紊，促进各项安全管理工作走向规范化、制度化。2005年12月26日至27日，由运营与法务处牵头代表总公司安委会组织开展了年终运营安全生产大检查。检查组成员有总公司运营安全管理工作组成员单位总师室、人力资源处、经济与发展处，并邀请了有关运营、安全管理专家以及运营分公司分管领导等组成检查组。
在为期2天的安全大检查中，采取计划检查与随机抽查相结合的方式，共检查了控制、站务、供电等六个中心，涉及六个车站、两个主变电站、两个库房等共计十四个受检(站)点。本次检查的重点是运营安全生产责任制的落实情况、现场安全管理与控制措施、冬运工作及措施落实情况、安全规章制度执行及台帐建立情况、班组安全建设、消防安全与治安保卫开展情况、危险源识别与控制、危化物品管理等。通过检查，控制中心、检修中心、鼓楼站、南京站站、迈皋桥站的各项工作得到了检查组一致好评，最终被评议为优秀集体。检查组一致认为，运营安全管理工作已逐步走上正轨，已按规定建立了运营安全生产管理网络，自上而下配备了157名专、兼职安全员;制订了安全生产管理办法，各项安全管理措施在生产过程中得到了初步落实，并初显成效;各中心、车站、班组在建章立制、台帐记录、班组建设、员工考核、教育培训、预案学习及演练、实作训练、规范管理等方面都做了大量的工作，也取得了不错的效果。同时，检查中也发现制度的执行也存在着差异和发展的不均衡，一些个别环节、部位依然存在着较大的安全和治安隐患，必须立即加以整改。
在本次检查工作开展过程中，得到了运营分公司自上而下的高度重视，自始至终得到了安保部、技术部、车辆部、物资设施部、客运部等部门及中心的大力支持和密切配合，达到了共同参与、共同学习、共同提高、共同促进的预期目的。
