自7月6日晚起，南京地区便普降暴雨，雨势凶猛，由于地铁南京南站站施工区域地势较低，且南京南站周边铁路施工区域雨水汇集面积较大。该项目部立即启动防汛应急预案，由项目部领导班子组成的防汛抗洪领导小组24小时现场值班，及时与南京南站周边施工单位进行沟通，共同排水，以减小我单位的排水压力。
该项目部同时积极采取有效的防排水措施，基坑南北端的排水泵站分别启用数台高压潜水泵进行抽水，作业人员24小时值班，使施工场区的雨水通过排水沟排到场地外的排水系统。大雨直至7月7日中午11点左右才结束，但在当天，施工场区的雨水已基本排除完毕，对基坑周围土体、基坑内施工作业、材料等不造成威胁，已正常开展施工。
