1、加压过滤法：据世保康调查了解目前市场上出现了一种采用加压过滤方法的专业家用净水器清洗机械。在清洗时，将清洗机的一端接到净水器的入水口，另一端接入净水器下部的排水口，形成一个闭环循环，同时采用专用消毒清洗剂。该方法利用清洗机械自身的循环压力，可以充分达到清洗的目的，然后通过机械压力可以将水垢和杂质完全排出。
2、臭氧杀菌法：臭氧杀菌法是利用臭氧的杀菌作用来达到清洗净水器的目的，在清洗时，排空机内剩水后，将消毒机的接口和净水器的入水口对接上，将臭氧注入净水器内胆，经过大约20分钟后的熏蒸，装上水桶后放出少量的水。
3、由于臭氧在常温下的半衰期为20-50分钟，几个小时内可以全部分解，氧化生成为无害的氧气、水和二氧化碳，在经过臭氧杀菌清洗后，一两个小时就可以喝到放心的水了。但要注意的是，这种清洗方法不能清除掉净水机水垢等杂质。
4、药片、消毒剂清洗法：清洗家用净水器内胆所采用的比较普遍的方法是用去污泡腾片或专用消毒剂。据了解，去污泡腾片这种含氯的药片经水分解后，可以有效杀灭大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、白色念珠菌等病菌。
