在清洗金刚菩提新籽的时候，首先要放在温热水里浸泡几个小时，这样可以软化里面的果肉或者果皮。再用硬毛刷将每个部位刷洗干净，之后换水浸泡，用猪毛刷重新刷洗几次，清洗干净后放在阴凉的背光处晾干即可。
1、浸泡处理在清洗金刚菩提新籽的时候，由于刚买来的新籽上面多少会残留一些果肉或者果皮，这时候先将其放在温热水中浸泡几个小时，让里面的渣滓得到充分软化，但不宜在里面加入任何的强碱性的清洁剂，以免引起腐蚀。
2、重复刷洗等浸泡几个小时后，再用硬毛刷或者钢丝刷以垂直的角度平刷几次，还要将每个缝隙仔细刷洗几次，这样能达到深度清洁的效果，之后将其放在清水中浸泡，用手不停的搅拌后，再用硬毛刷重新刷洗几次即可。
3、阴干处理等清洗干净后，将其捞起来放在干净的毛巾上仔细揉搓，再放在阴凉的背光出晾干，等它完全干透后才可以放在手心上盘玩，但不可直接放在太阳底下晾晒，否则容易导致内部结构失去水分，从而出现干裂的现象。
