1、颜色不同：花椒在生时为青色，成熟之后为红棕色或暗红色，颜色很重，其中的籽为黑色，有散生微凸起的油点；麻椒在生时也为青色，成熟之后是棕色偏黄，颜色较浅，籽也是黑色。
2、口味不同：花椒的麻味较轻，香味重，常用来和肉类一起烹饪，可以增加香气，清除肉类的腥味和哈味；麻椒的麻味极重，香味较轻，常用来做川菜的调味品，火锅中较常见。
3、果实不同：花椒果皮顶端很少有残留的花柱，果皮有气孔无瘤状突起，干花椒颜色发红；麻椒几乎全部保留花柱，瘤状突起特别明显，果皮在光线下有许多亮点，干麻椒发褐色。
4、树形和叶片不同：花椒的树形松散，枝条较粗壮而长，叶片较厚，多为7-9片羽状复叶，甚至11-13片，叶柄翅上无羽状；麻椒树形相对紧簇一些，枝条细弱一些，叶片相对较薄，多为3-5片羽状复叶，且叶柄上有羽状翅。
