1、口罩出厂时是否经过灭菌的处理的不同：灭菌口罩是经过灭菌，在包装内有效期内就是无菌的；没有灭菌，意味着医用口罩生产出来只是的普通的，上面可能还有别的细菌，可能不致病。
非灭菌口罩(部分企业标识“非无菌”)，口罩的制作标准符合微生物控制标准，即允许有一定量细菌，但是在一定的可控范围内。相对的，无菌口罩，经过杀菌后，不允许有细菌存在。
2、使用场景方面不同，非灭菌口罩适用于一般的雾霾天，防尘防风；灭菌口罩适用于要求无菌条件的环境。
非灭菌口罩适用范围/预期用途 ，供临床各类人员在非有创操作过程中佩戴，覆盖住使用者的口、鼻及下颌，为防止病原体微生物、颗粒物等的直接透过提供一定的物理屏障。
无菌口罩使用在例如ICU、手术室等需严格控制微生物环境的医疗场所，因为这些场所需要进入的东西都是无菌的，而不至于引发病患的其它细菌型感染。
3、包装不同，灭菌医用口罩一般为保证无菌状态，都是独立包装。非灭菌口罩不需要单独包装。
因为灭菌口罩为了保证口罩无菌的有效性，需要将每个口罩进行独立包装，而非灭菌口罩就不需要独立包装，无论是非灭菌医用口罩还是灭菌医用口罩均有防护功能，可阻隔飞沫，防止交叉感染。
