杀菌效果差不多，只是用途不一样。次氯酸钠以日常生活中的消毒为主，酒精以医用消毒为主。次氯酸钠主要用于物体表面和环境等消毒，其水解的次氯酸能将有还原性的物质氧化，使微生物最终丧失机能，无法繁殖或感染。次氯酸钠可以用来消毒手术器械、温度计、餐具、桌椅、马桶、地面等。因为其是氧化剂，所以可以使织物脱色。医用酒精的主要成分是乙醇并且是混合物，酒精主要是让蛋白质变性来达到消毒、灭菌的效果。其在医疗行业使用广泛，可用于人体皮肤消毒，其易挥发，最佳杀菌。
消毒是指杀死病原微生物、但不一定能杀死细菌芽孢的方法。通常用化学的方法来达到消毒的作用。用于消毒的化学药物叫做消毒剂。灭菌是指把物体上所有的微生物（包括细菌芽孢在内）全部杀死的方法，通常用物理方法来达到灭菌的目的。防腐是指防止或抑制微生物生长繁殖的方法。用于防腐的化学药物叫做防腐剂。无菌不含活菌的意思，是灭菌的结果。防止微生物进入机体或物体的操作技术称为无菌操作。
