8月22日地铁二号线苜蓿园—下马坊区间地铁出现故障，导致该区间地铁无法正常运行。8月23日南京地铁指挥部召开现场新闻发布会公布修复方案，力争在最短时间内恢复正常运营。
故障发生后，南京市季建业市长、陆冰副市长等市领导分别亲临现场查看并召开会议，研究现场处置及恢复方案。季市长强调，一是要尽快查明原因;二是要邀请专家把脉;三是如抢修人员不够，可请市住建委派员;四是要加强长期监测;五是要确保列车调度安全;六是抢修人员要强化组织，确保抢修安全。陆市长在现场查看后指出，要迅速分析原因，并在专家把脉的基础上科学组织抢修，确保实现永久恢复，并力争在最短时间内恢复正常运营。
为查明事故原因，地铁指挥部连夜邀请专家召开专家会议，分析事故原因和处置恢复方案，同时地铁指挥部专项会议也在持续召开中。至此，事故原因已十分明朗，由于高水位、高水压，致使水压将道床下的二衬击穿，当重载列车通过时，导致道床局部瞬间隆起卡住列车，造成停运。又因在道床瞬间隆起时，并非是渐进过程，因此隧道的检测设备和人工巡检并未发现异常，也无法采取工程性措施予以防范。这种地质灾害发生后，地铁指挥部一方面采取紧急措施处置;另一方面随即对隧道地面沿线踏勘，未发现其他异常。根据现场实际情况和各方研究结果，专家组拟定了抢修和恢复方案，确保25日中午12点前恢复通车。由于施工区间地质条件复杂，抢修修复需要一个过程，考虑到工程质量安全，施工必须严格按程序进行。地铁修复后还需要一定时间进行观测，敬请市民谅解。
由于地铁二号线无法正常运行，给市民出行带来不便，地铁运营分公司已采取临时行车方案：油坊桥—大行宫行车间隔大约8分钟;大行宫—孝陵卫行车间隔约26分钟;孝陵卫—经天路行车间隔约10分钟;如赶时间的乘客提醒其提前出行，或改乘其他交通工具。考虑到市民出行方便，地铁指挥部与相关部门联系，23日早晨起组织公交车在马群—大行宫区间开通地铁接驳专线，同时，还组织大巴在马群—大行宫区间运行，参与客流疏导。
