6月4日—6月6日是端午节小长假，结合“五一”后客流逐步回稳的趋势，若端午节天气晴好，预计6月4日客运量将达到120万人次，新街口、南京站、安德门等车站客流较为集中。为安全、快捷、有序运送端午节大客流，南京地铁运营分公司及时应对，在做好客流调查分析的基础上，于5月26日出台了端午节客运组织方案。
针对客流预测，节日期间的具体运力安排为：地铁一号线6月3日将晚高峰时间提前至13:30开始，19:00结束，开行列车31备1，共线行车间隔3分25秒，支线行车间隔6分50秒;6月4日高峰上线列车33备1，共线行车间隔3分15秒，支线行车间隔6分30秒;6月5日高峰上线列车31备2，共线行车间隔3分25秒，支线行车间隔6分50秒;6月6日高峰上线列车29备1，共线行车间隔3分35秒，支线行车间隔7分10秒。地铁二号线6月3日同样将晚高峰时间提前至13:30开始，19:00结束，开行列车24备1，行车间隔5分10秒;6月4日、5日高峰上线列车24备2，行车间隔5分10秒;6月6日高峰上线列车22备1，行车间隔5分40秒。另外控制中心随时监控沿线客流情势，一旦客流爆满，将采取发售应急纸票、加开备用车等措施，及时疏散乘客，缓解乘客排队等候的压力。
端午期间，南京地铁运营分公司将联合地铁公安，全面、扎实、有效地做好地铁安全保卫工作;加强安全检查，防止乘客携带易燃、易爆、有毒等危险物品进站乘车;加强行车备品检查和站台巡视，以广播不断提醒乘客防止越出黄色安全线、跳下站台及进入隧道等;司机与现场工作人员将加强瞭望，安全开关车门和站台门，确保更加安全、便捷、舒适地运送乘客，营造欢乐祥和的节日气氛。
